Javascriptでサブウィンドウをフルスクリーンで表示する場合は以下のように記述します。
window.open("url", "subWindow", "fullscreen=yes");
３つ目の引数にfullscreen=yesを入れればOKです。
ただし、このfullscreenはIEでしか使用できません。（サンプル）
上のサンプルを試していただければわかりますが、Firefoxなどでは普通のサイズで表示されてしまいます。
そこで、ディスプレイのサイズを取得し、そのサイズで開くという風にします。
var sw = screen.width;
var sh = screen.height;
window.open("url", "subWindow", "left=0, top=0, width="+sw+", height="+sh);
ディスプレイサイズの取得方法はこちらのサイトを参考にしました。
ディスプレイ（画面）の横幅・高さを得る - JavaScript TIPSふぁくとりー
これで、FirefoxやSafariでもフルスクリーンの大きさで表示してくれます。（サンプル）