すでにいろいろなブログで取り上げられてますが、IE9ではMTがまともの動作しない場合があります。（IE9非対応のMTのバージョンはこちら）
自分の場合はMTバージョン5.031で本文投稿フィールドにカーソルが合わないという問題が発生しました。
Firefoxなどは以下にバージョンが上がろうと正常に動作することが多いのに、なんでIEはこうかな～（怒）
だからみんなIEだけはバージョン上げるの嫌がるんだよ。
とりあえず解決方法は、アドレスバー右端にある互換表示を切り替えてください。
もっと詳しく説明してくださっているサイトはこちら